Créé en 404, le rôle du Doyen de l’Académie était attribué par un scrutin en un tour dont la périodicité a évolué jusqu'en 539. Ce scrutin s'adressait aux Académiciens. En 533, le coup d'état de Sa Majesté l'Impéatrice SO II met un terme au rôle de l'Académie mais les Académciens sont maintenus dans leurs titres. Le décès de Stanislas Onassis, alors Doyen de l'Académie, en 539, décide la Souveraine à congédier les deux autres académiciens et à dissoudre l'Académie qui disparaîtra de la vie culturelle neustrienne pendant 21 ans. En 560, l'instauration de la VIème Constitution remet l'Académie sur les rails et un nouveau Doyen est nommé selon le terme constitutionnel : le Doyen de l’Académie est l'Académicien désigné par le Chancelier, occupant le Premier Fauteuil Académique. Le Doyen est nommé tous les 12 ans. En l'absence de désignation dans l'année suivant la vaccance du poste, le Sénat peut désigner un Doyen pour le mandat en cours. Le Doyen organise et coordonne les missions de l'Académie des Arts et des Lettres. Le Doyen tient à jour les registres mis sous la responsabilité de l'Académie : le Livre des Brevets et le Palmarès et informe le Gouvernement des sujets en cours. Enfin, depuis 630, le Doyen désigne, également, les deux autres Académiciens qui l'accompagnent dans sa mission.
Selyan Onassis

Mandat
: 606
Septime Onassis

Mandat
: 560-606
Stanislas Onassis

Mandat : 480-539
Benoît Shegan

Mandat
: 464-479
Raphaël-Erwan Marvendé

Mandat
: 443-464
Alexy Borghèse

Mandat : 404-443